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导语:
前两次分别介绍了用于预测药物代谢和排泄的AI工具。
事实上,选择合适的数据库是开发准确、可靠预测模型的关键一步。
本期带来一些常用的,包含药物基本信息(尤其是可用于预测药物ADME过程)的数据库简介:
附链接,所有亲测在2023-06-26可以打开有问题私信戳我~
01
Drugbank
网址:http://www.drugbank.ca/
介绍:药物和药物靶标信息的综合数据库,包括药物代谢和药物动力学信息,以及药物生物转化中涉及的酶。它包含超过500000种药物和它们相关的目标、途径和代谢途径的信息。
介个不用过多介绍了吧,药研界的YYDS不为过吧……
02
ChEMBL
网址:www.ebi.ac.uk/chembl/
介绍:ChEMBL是一个人工管理的具有类似药物特性的生物活性分子数据库。它汇集了化学、生物活性和基因组数据,有助于将基因组信息转化为有效的新药。
信息较全,界面友好。扁平化的可视图表风格,真的爱了……要功能,也要颜值!
03
HMDB 5.0
网址:https://hmdb.ca/
介绍:包含人体内发现的小分子代谢物的详细信息,旨在用于代谢组学、临床化学、生物标志物发现等领域。该数据库被设计为包含3种数据:①化学数据,②临床数据,③分子生物学/生物化学数据。该数据库包含220945个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物。此外,8610个蛋白质序列(酶和转运蛋白)与这些代谢物条目相关联。
每个MetaboCard条目包含130个数据字段,其中2/3的信息用于化学/临床数据,另外1/3用于酶或生化数据的信息。每个MetaboCard条目包含130个数据字段,其中2/3的信息用于化学/临床数据,另外1/3用于酶或生物化学数据。许多数据字段都超链接到其他数据库(KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, PDB, UniProt, GenBank)。HMDB数据库支持广泛的文本,序列,化学结构,质谱和核磁共振光谱查询搜索。
信息也非常全,可以查代谢物、疾病、蛋白、通路、反应……
04
PubChem
网址:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
介绍:包含化学结构及其相关生物活动的公共数据库,包括1.14亿多种化合物的信息,以及数据分析和可视化工具。
这个相信也不用多介绍,不用烂也差不多了……
05
ChemSpider
网址:http://www.chemspider.com/
介绍:化学结构数据库,提供对来自数百个数据源的超过1亿个结构的快速文本和结构搜索访问。
个人觉得功能中规中矩,不知道以药化专家的角度怎么看……
06
BiGG
网址:http://bigg.ucsd.edu/
介绍:基因组及代谢网络重建的知识库,将70多个已发布的基因组级代谢网络集成到一个数据库中。BiGG模型中的基因被映射到NCBI基因组注释,代谢产物被链接到许多外部数据库(KEGG、PubChem等)。
应该是生信工作者福音,讲真对小编来说有点超纲了……
07
HumanCyc
网址:https://humancyc.org/
介绍:被称为“人类基因和代谢百科全书”,小编还没来得及玩转,各位看官可以自己解锁下……
08
KEGG Pathway
网址:https://www.genome.jp/kegg/pathway.html
介绍:一种代谢途径数据库,包括代谢网络的地图和图表,以及酶和代谢产物的信息。它包括超过17000种代谢途径和超过22000种酶的信息。
应该也是大家经常用到的网站之一,首页比较朴素;有像地铁分布图一样的通路网,real震撼……
ps:怕你们消化不了(其实是还没写完),还有精彩内容放在下期哦,快快马住~
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