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导语：

前两次分别介绍了用于预测药物代谢和排泄的AI工具。

事实上，选择合适的数据库是开发准确、可靠预测模型的关键一步。

本期带来一些常用的，包含药物基本信息（尤其是可用于预测药物ADME过程）的数据库简介：

附链接，所有亲测在2023-06-26可以打开有问题私信戳我~

Drugbank

网址：http://www.drugbank.ca/

介绍：药物和药物靶标信息的综合数据库，包括药物代谢和药物动力学信息，以及药物生物转化中涉及的酶。它包含超过500000种药物和它们相关的目标、途径和代谢途径的信息。

介个不用过多介绍了吧，药研界的YYDS不为过吧……

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ChEMBL

网址：www.ebi.ac.uk/chembl/

介绍：ChEMBL是一个人工管理的具有类似药物特性的生物活性分子数据库。它汇集了化学、生物活性和基因组数据，有助于将基因组信息转化为有效的新药。

信息较全，界面友好。扁平化的可视图表风格，真的爱了……要功能，也要颜值！

HMDB 5.0

网址：https://hmdb.ca/

介绍：包含人体内发现的小分子代谢物的详细信息，旨在用于代谢组学、临床化学、生物标志物发现等领域。该数据库被设计为包含3种数据:①化学数据，②临床数据，③分子生物学/生物化学数据。该数据库包含220945个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物。此外，8610个蛋白质序列(酶和转运蛋白)与这些代谢物条目相关联。

每个MetaboCard条目包含130个数据字段，其中2/3的信息用于化学/临床数据，另外1/3用于酶或生化数据的信息。每个MetaboCard条目包含130个数据字段，其中2/3的信息用于化学/临床数据，另外1/3用于酶或生物化学数据。许多数据字段都超链接到其他数据库（KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, PDB, UniProt, GenBank）。HMDB数据库支持广泛的文本，序列，化学结构，质谱和核磁共振光谱查询搜索。

信息也非常全，可以查代谢物、疾病、蛋白、通路、反应……

PubChem

网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

介绍：包含化学结构及其相关生物活动的公共数据库，包括1.14亿多种化合物的信息，以及数据分析和可视化工具。

这个相信也不用多介绍，不用烂也差不多了……

ChemSpider

网址：http://www.chemspider.com/

介绍：化学结构数据库，提供对来自数百个数据源的超过1亿个结构的快速文本和结构搜索访问。

个人觉得功能中规中矩，不知道以药化专家的角度怎么看……

BiGG

网址：http://bigg.ucsd.edu/

介绍：基因组及代谢网络重建的知识库，将70多个已发布的基因组级代谢网络集成到一个数据库中。BiGG模型中的基因被映射到NCBI基因组注释，代谢产物被链接到许多外部数据库(KEGG、PubChem等)。